- Trước tháng 8/1945 xã Xuân Yên ngày nay là đất của xã Tiên Bào, tổng Phan Xá và xã Đô Uyên, làng Đô Uyên tổng Đan Hải trước 1945.Cuối tháng 12/1945 thực hiện chủ trương bỏ cấp tổng, lập xã mới của ủy ban nhân dân cách mạng lâm thời tỉnh Hà Tĩnh, các xã Tiên Bào tổng Phan Xá và xã Đan Uyên, làng Đô Uyên tổng Đan Hải hợp nhất thành xã mới là xã Tiên Uyên.
     - Năm 1949, Ủy ban kháng chiến hành chính tỉnh Hà Tĩnh lại có chủ trương hợp xã nhỏ, thành xã mới lớn hơn. Xã Tiên Uyên hợp nhất với xã Tiên Uy lấy tên xã mới là Xuân Tiên.
     - Tháng 6/1954, sau khi hoàn thành công tác phát động quần chúng triệt để giảm tô, Liên khu ủy và Ủy ban kháng chiến hành chính Liên khu 4 chủ trương tách các xã lớn ra các xã nhỏ theo đơn vị xã hồi cuối 1945 và đặt tên các xã gồm 2 từ, trong đó có 1 từ mang tên huyện. Nên xã Xuân Tiên được chia ra 2 xã: Xã Tiên Uyên và xã Tiên Uy. Tiên Uyên có tên mới là Xuân Yên còn Tiên Uy là Xuân Tiên, sau 1975 mới đổi thành Tiên Điền.
     - Đến nay 2000, Xuân Yên có 11 xóm với tên gọi từ đầu là Yên: Yên Ngọc, Yên Nam, Yên Khánh, Yên Thông, Yên Giáp, Yên Hợp, Trung Lộc (trước là 2 xóm: Yên Trung và Yên Lộc), Yên Liễu, Yên Ngư, Yên hải, Yên Lợi.
     - Đến tháng 8/2024 xã gồm 10 thôn: Hợp Giáp(trước là 2 thôn: Yên Giáp và Yên Hợp), Yên Ngọc, Yên Nam, Trung Lộc, Yên Thông, Yên Khánh, Yên Liễu, Yên Ngư, Yên Hải, Yên Lợi.

- Tháng 9/2024, sau khi sáp nhập thôn, xã gồm 7 thôn: Yên Hòa (Hợp Giáp, Trung Lộc), Nam Ngọc (yên Nam, Yên Ngọc), Yên Thông, Yên Khánh, Yên Liễu, Yên Ngư, Hải Lợi (Yên Hải, Yên Lợi)
     - Dân số toàn xã hiện nay: 4900 người , 1398 hộ.
     - Địa giới xưa: là xã nằm trong vùng đồng bằng ven biển huyện Nghi Xuân, phía Bắc giáp xã Xuân Hải; phía Nam giáp 2 xã: Xuân Thành, Xuân Mỹ; phía Tây giáp xã Tiên Điền; phía Đông giáp biển.
     - Diện tích tự nhiên là 57.6ha